Я придумал как можно на следующей стадии в одной из пар сделать 3 участника и чтобы никому не обидно было.

Надо просто взять 3х победителей первой стадии, у которых меньше всех очков и их безо всякой жеребьевки сразу троих в одну пару.

Если больше 3х с одинаковым количеством очков будет, то жеребьевку среди них.